Guðjón fannst myrtur við Fífuhvammsveg í Kópavogi þann 6.júlí árið 1976, hann var 49 ára gamall. Stuttu áður hafði fundist veski hans og ýmsir pappírar og víxlar í hans eigu. Á staðnum var mikið magn af blóði, steinhnullungur og fjöl sem notuð voru við morðið.
„Lögreglumaður úr Reykjavík kom því á lögreglustöðina i Kópavogi. Þaðan fóru síðan menn á staðinn og funduþá ýmis plögg frá Guðjóni heitnum. þar á meðal víxla og aðra pappíra. fjármálalegs eðlis. Þá fannst ekkert lík, þannig að ganga má út frá því sem vísu, að í mesta lagi hafi liðið þrír tímar frá því að morðið var framið og þangað til Guðjóns Atla fannst.
Samkvæmt þeim lýsingum, sem DB hefur aflað sér, var líkið hvorki orðið kalt né farið að stirðna, þegar lögreglan kom á staðinn.
Morðinginn var ennþá ófundinn í morgun, þegar DB fór í prentun, en bíll Guðjóns Atla fannst um hádegisbilið í gær á Kaplaskjólsvegi i Reykjavík. Njörður Snæhólm, rann- sóknarlögreglumaður í Reykjavík, sagði í samtali við fréttamann DB í morgun, að telja mætti víst að bíllinn hefði verið notaður í sambandi við morðið.
Á staðnum, þar sem líkið fannst, eru ummerki eftir bílinn og átök, sem þar virðast hafa orðið. Bílnum hafði verið ekið upp í moldarbarð, sem þarna er, og á hjólförum þar má sjá að honum hefur verió ekið af stað aftur í miklum flýti. Töluvert blóð var þar, sem líkið hafði legið og einnig fjöl, blóðug með nýiegu broti, eins og hún hefði verið notuð til að greiða með högg.
Ljóst þykir. þótt niðurstöður krufningar liggi enn ekki fyrir, að Guðjóni Atla hefur verið banað með höggum í höfuðið og hefur rannsóknarlögreglan undir höndum steinhnullung og fjöl, sem notuð hefur verið við verknaðinn,“ sagði í frétt Dagblaðsins daginn eftir morðið.
Guðjón bjó í Elliðárdal, hann hafði ekkert unnið í nokkra mánuði eftir að hann varð fyrir líkamsárás sem gerði hann óvinnufæran. Maðurinn sem réðst á hann var þó með fjarvistarsönnun kvöldið sem Guðjón var myrtur.
Bíll Guðjóns fannst fljótt og voru í honum talsvert magn blóðbletta sem bendu til þess að einhver átök hafi átt sér þar stað, þó var fullvíst að morðið sjálft hafi verið framið þar sem líkið fannst.
Tveimur dögum eftir morðið voru tveir 18 ára menn handteknir, grunaðir um að hafa orðið Guðjóni að bana. Þeir játuðu í yfirheyrslu lögreglu.
Guðjón hafði boðið mönnunum far frá BSÍ upp í Breiðholt en á miðri leið braust út ágreiningur á milli Guðjóns og annars mannsins. Hafi þá mennirnir byrjað að slá til Guðjóns á meðan hann keyrði. Honum tókst að stöðva bifreiðina og komast út en mennirnir fóru á eftir honum og réðust ítrekað á hann. Þeir enduðu á að gríta stærðarinnar grjóthnullung í höfuðið ásamt því að berja hann með fjöl. Þetta varð honum að bana.
Mennirnir skildu líkið eftir en keyrðu bíl Guðjóns að Kaplaskjólsvegi, þar sem hann svo fannst. Annar mannana fékk 8 ára dóm en hinn var dæmdur í 12 ára fangelsi.